La microbiota intestinal , también llamada flora intestinal , es la colección de microorganismos ( arqueas , bacterias , eucariotas ) que se encuentran en el tracto digestivo de los animales. Por lo tanto, esto incluye bacterias en el intestino y bacterias en el estómago . La flora intestinal es un buen ejemplo de mutualismo : la cooperación entre diferentes tipos de organismos implica un beneficio para cada uno.
Los avances en la secuenciación han permitido identificar las especies dominantes de la microbiota intestinal humana, caracterizar el ecosistema correspondiente y ayudar en el diagnóstico de determinadas patologías.
Los rumiantes albergan una gran cantidad de especies simbióticas. La capacidad de digerir la celulosa se debe a las arqueas .