Los retrotransposones pertenecen a la gran familia de elementos transponibles ( elementos de clase I intermedios de ARN). Corresponden a secuencias de ADN endógeno capaces de moverse y sobre todo de multiplicarse en el genoma del huésped, dando lugar a secuencias repetidas dispersas . Se diferencian de los transposones (Clase II de elementos transponibles) por su intermediario de ARN (y no de ADN). El prefijo proviene del hecho de que los retrotransposones van "al revés" del dogma central del ADN, porque su ARN es "retro", transcrito en ADN. Algunos de ellos, los retrotransposones LTR ( secuencia de repetición terminal larga ) , están relacionados con los retrovirus , pero sin ser infecciosos.
La clase de retrotransposones es muy importante en términos de cantidad y calidad. Con base tanto en las diferencias estructurales como en la presencia o ausencia de regiones repetidas terminales largas ( LTR ), distinguimos dos clases de retrotransposones: retrotransposones con LTR o sin LTR. Estas dos clases de elementos también se diferencian por su mecanismo de integración.
Estos elementos se parecen a los retrovirus en su ciclo y estructura de replicación. Como estos últimos, los retrotransposones LTR activos codifican principalmente y en general dos proteínas del tipo gag y pol . Sin embargo, los retrotransposones tienen un ciclo intracelular solamente, es decir, no pueden infectar la célula vecina, como lo hacen los retrovirus. Sin embargo, las partículas virales del elemento gitano de Drosophila melonogaster , purificadas en gradientes de sacarosa, son capaces de infectar las células puestas en contacto con ellas. esta capacidad infecciosa viene dada por la presencia de una proteína principal 3 e , que codifica la envoltura. Esta envoltura está teóricamente presente en ciertos retrotransposones LTR, cercanos al gitano . Además, los retrotransposones se encuentran en todos los eucariotas (todos los organismos compuestos por células del núcleo, a diferencia de los procariotas), mientras que los retrovirus solo se han encontrado en la actualidad en animales (una pequeña parte de los eucariotas).
Los retrotransposones LTR se dividen ellos mismos generalmente en cuatro grupos: Ty1 / copia , Ty3 / gypsy, DIRS y BEL. A veces agregamos LARD y TRIM en plantas, donde DIRS y BEL están ausentes. Existe una gran variación dentro de estos grupos:
Los elementos que pertenecen a esta clase también tienen y usan transcriptasa inversa . Su ciclo de replicación difiere del de los retrotransposones . La síntesis de CDNA no tiene lugar en el citoplasma de la célula, sino directamente en el sitio de inserción de la nueva copia: una hebra de ADN del sitio objetivo sería escindida por la endonucleasa del elemento, el ARNm se le adhiere. permitiendo la transcripción inversa de una hebra. Luego se elimina el ARNm, dejando espacio para la síntesis de la segunda hebra de ADN. Este mecanismo se llama transcriptasa inversa preparada por objetivo (o TPRT). Los retrotransposones sin LTR se dividen en cinco grupos: R2, L1, RTE, I y Jockey. Su filogenia es compleja porque esta clase incluye una gran cantidad de elementos.